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我校《黑龍江大學自然科學學報》與科學出版社經過友好協商，達成合作協議，成為其合作伙伴。從2009年第3期開始，《黑龍江大學自然科學學報》將由科學出版社出版，以提升品牌影響力。

科學出版社是我國最大、最具影響力的綜合性科技出版機構，以其為基礎組建的中國科學出版集團是國內最具影響力的出版集團之一，旗下有包括《中國科學》雜志社為代表的眾多的國內一流專業期刊。為了打造中國科技出版業的“航空母艦”，以與國外的科技出版巨頭競爭，科學出版社在國內嚴格篩選質量高、特色鮮明的優秀科技期刊，成為其加盟期刊。由于其要求嚴格，截止到2008年底，在全國5100種科技期刊中僅吸收199種刊物加盟，《黑龍江大學自然科學學報》成為黑龍江省第一批加盟期刊。

經過幾年的跨越式發展，《黑龍江大學自然科學學報》取得了長足的進步，目前被《中文核心期刊要目總覽》、《中國科學引文數據庫》（2001-2007）、《中國科技核心期刊》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》等9個國內機構或數據庫收錄；被美國《化學文摘》、美國《數學評論》、美國《劍橋科學文摘社網站》、美國《烏利希期刊指南》、俄羅斯《文摘雜志》、《日本科學技術文獻數據庫》、德國《數學文摘》等7家國外數據庫或檢索機構收錄；目前的機構用戶有美國國會圖書館、日本國會圖書館、新加坡國會圖書館、法國國防部等8個國家和地區的25家海外用戶，清華大學、北京大學等2573家國內用戶；個人讀者分布在25個國家和地區。刊物先后于2004年榮獲教育部“全國高校優秀科技期刊二等獎”和北方八省市的“北方期刊獎”，2005年榮獲首屆“黑龍江省出版精品工程獎”，編輯部榮獲“中國高等學校自然科學學報研究會”頒發的“全國高校科技期刊先進集體獎”，2008年榮獲教育部“中國高校優秀科技期刊獎”，編輯部獲得“中國高等學校自然科學學報研究會”頒發的“高校科技期刊先進集體獎”。在2008年的中國學術期刊分學科排行榜中，被列為“自然科學綜合”a類，在學報類期刊排行榜中，列為理工類學報a類。刊物的許多質量指標，如：他引總引比0.90、基金論文比81%、外稿率80%等，均居于國內期刊前列。

加盟后，科學出版社將對《黑龍江大學自然科學學報》的質量、反饋、影響、對外發行等諸多方面提供指導和幫助，負責其海外的推介、宣傳，并提供業務培訓、學術交流等服務。這將有利于辦好《黑龍江大學自然科學學報》，進一步促進品牌的樹立與提升，推動刊物的良性發展。